Při identifikaci nejsou nutné nahromaďovací techniky, protože napadená potravina obsahuje B. cereus ve větším množství (>105 g-1). To stejné platí pro vzorky fekálií nebo zvratků a používá se tedy neselektivní medium jako například krevní agar (v některých případech se přidává polymyxin, které má funkci selektivního činidla k potlačení gramnegativity). B. cereus může být detekován po 24 hodinách inkubace při 37˚C díky jeho charakteristické morfologii kolonií. Typická je jejich velikost (průměr 3 – 7 mm), jsou ploché nebo nepatrně zvýšené, šedozelené charakteristicky zrnité nebo půdně-skleněné. V okolí kolonií se vytváří zóna α nebo β hemolýzy.
Chceme-li potvrdit, že jsme na krevním agaru skutečně izolovali B. cereus, nebo je naším cílem izolovat malá množství tohoto mikroorganismu v potravinách, musíme použít více selektivně-diagnostický agar. Tyto půdy využívají tří základních vlastností B. cereus: resistence k antibiotiku polymyxin, neschopnost zkvašovat mannitol, produkce lecithinasy (fosfolipasy). Jedním z nejvíce používaných je médium PEMBA (polymyxin / pyruvát / vaječný žloutek / mannitol / bromthymolová modř agar). Polymyxin, který je zde obsažen, potlačí růst jiných bakterií. Pokud by se stala problémem přítomnost kvasinek nebo plísní, může agar obsahovat také actidion. Na médiu PEMBA vytváří B. cereus typické vroubkované kolonie, které zadrží tyrkysovou modř pH indikátoru (bromthymolová modř) z důvodu neschopnosti zkvašovat mannitol. Kolonie jsou obklopeny zónou žloutkovaječného srážení, které způsobila lecithinasová aktivita. Přítomnost pyruvátu v médiu zlepší reakci srážení vaječného žloutku a nízká úroveň peptonu zvýší sporulaci. Mezi další běžně používaná média patří MYA (mannitol / vaječný žloutek agar) a MYP (mannitol / vaječný žloutek / polymyxin agar).
Časově méně náročným postupem sloužícím k potvrzení přítomnosti B. cereus je metoda mikroskopická, která využívá barvení spor a intracelulárních lipidů. Spory se zbarví zeleně, globule lipidů černě a zbytek buňky (cytoplazma) červeně. Biochemické potvrzení je založeno na schopnosti produkovat kyselinu z glukózy, ale ne již z mannitolu, xylosy a arabinózy.
Průjmový toxin může být detekován komerčně dostupným latexovým aglutinačním kitem. Přesto detekce toxinu a stanovování serotypu není obvyklou součástí rutinního potravinářského dozoru.